В файле шаблона умного фильтра catalog.smart.filter/.default/template.php дописываем следующий код:

<? //Сортировка по алфавиту
   foreach ($arItem["VALUES"] as $key => $sortkey) {
       $values[$key]  = $sortkey['VALUE'];
     }
   array_multisort($values, SORT_ASC, $arItem['VALUES']);
   unset($values);
   ?>